What is my project’s aim?
My part in the network focuses on one of the habitats of C. albicans: our gut. I will try to understand why some people have this fungus in their gut - we say that they are colonized - while other people don’t. To do so, I will first study the other microbes -bacteria and fungi-, so-called microbiota, that live in our gut to check if some of these microbes are always present when C. albicans is not. Why is it relevant? Because it could mean that they are able to kick it out of our body. And if C. albicans is not there, it cannot cause an infection, and thus a disease. At long term, we could use these “fighter microbes” as a treatment to prevent C. albicans to colonize patients that could be at risk to develop an infection.
In a second part, I will also study the host, meaning us, to see if people carrying C. albicans in their gut share some characteristics, for example the same type of diet or some particularities in their immune system, which they don’t share with not colonized people. This would allow us to better understand how this fungus can stay in our body and give us new weapons against it.
How to study the gut microbiota?
We will use an easy-to-collect type of sample that naturally contains all the microbes present in the gut: the stool. For this project, we have access to a collection of stools collected from 1000 French healthy individuals, belonging to the Milieu Intérieur cohort.
The microbes of the gut microbiota are numerous (2 to 10 times more than the number of cells of our whole bodies) and very difficult to grow. Therefore, we will study their genetic fingerprint "their DNA" to identify them. Thus, we can gather the DNAs present in a sample and associate each DNA with the corresponding microbe. So we will be able to know which microbes are in which sample and in what proportion. And all we have to do is analyze this information.
Quel est le but de mon projet ?
Mon rôle dans le consortium est axé sur l’un des habitats de C. albicans : nos intestins. Mon but est de comprendre pourquoi certaines personnes portent ce champignon dans leurs intestins – on dira alors qu’ils sont colonisés – alors qu’il est absent chez d’autres personnes. Pour ce faire, je vais d’abord étudier les autres microbes -bactéries et champignons- qui vivent dans nos intestins et constituent notre microbiote intestinal, afin de vérifier si certains d’entre eux sont toujours présents quand C. albicans est absent. Pourquoi cela est-il intéressant ? Parce que cela pourrait signifier que ces microbes sont capables d’empêcher que C. albicans s’installe durablement dans le TD. Et si C. albicans est absent, il ne peut pas causer une infection et encore moins les maladies qui en découlent. A long terme, nous pourrions utiliser ces « microbes de combat » comme traitement pour prévenir la colonisation par C. albicans chez les personnes affaiblies, et donc à risque de développer des infections.
Dans un second temps, j’étudierai l’hôte, c’est-à-dire nous, afin de déterminer si les personnes portant C. albicans dans leurs intestins partagent certaines caractéristiques, par exemple le même type de régime alimentaire ou des particularités dans leur système immunitaire, qu’elles ne partagent pas avec les personnes non colonisées. Cela nous permettrait de mieux comprendre comment cette levure peut se maintenir dans notre corps et nous offrir de nouvelles armes pour lutter contre lui.
Comment étudier le microbiote intestinal ?
Nous utiliserons un type d’échantillon facile à récolter qui contient naturellement tous les microbes présents dans l’intestin : les selles. Pour ce projet, nous disposons d’une collection de selles recueillies chez 1000 individus sains, d’origine française, appartenant à la cohorte Milieu Intérieur.
Comme les microbes du microbiote intestinal sont nombreux (entre 2 et 10 fois plus qu’il n’y a de cellules dans notre corps) et très difficile à cultiver, nous étudierons leur empreinte génétique « leur ADN » pour les identifier. Ainsi, nous pourrons réunir les ADNs présents dans un échantillon et associer chaque ADN au microbe lui correspondant. Nous pourrons donc savoir quels microbes sont présents dans quel échantillon et en quelle proportion. Et il ne nous restera plus qu’à analyser ces informations.